Το Ηράκλειο βρίσκεται στα βόρεια παράλια της κεντρικής Κρήτης, έναντι της νησίδας Δία (Ντία), στον κόλπο του Ηρακλείου. Τα παράλια του Ηρακλείου χαρακτηρίζονται από την ύπαρξη μικρών λόφων ύψους μερικών δεκάδων μέτρων και μικρών επιπέδων κομματιών. Προς τη Νέα Αλικαρνασσό στα ανατολικά υπάρχουν επίσης χαμηλοί λόφοι, ενώ προς τα δυτικά, στην περιοχή Στόμιο-Αμμουδάρα, το ανάγλυφο είναι πιο ήπιο, εξαιτίας των εκβολών του ποταμού Γιόφυρου, ο οποίος έχει φέρει φερτά υλικά.Στην ενδοχώρα, προς τα νότια, βρίσκεται η πεδιάδα του Ηρακλείου, η οποία χωρίζεται στα δύο από το όρος Γιούχτας.Η περιοχή του Ηρακλείου τεκτονικά χαρακτηρίζεται από την ύπαρξη ρηγμάτων σε άξονα βορρά-νότου.
Στο Ηράκλειο βρίσκονται οι Σχολές Θετικών Επιστημών (Με τα τμήματα: Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών, Φυσικής, Επιστήμης Υπολογιστών, Βιολογίας, Χημείας, Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών) και Επιστημών Υγείας (Ιατρική) του Πανεπιστημίου Κρήτης το οποίο ιδρύθηκε το 1976, (με 8.000 φοιτητές), εδρεύει το Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ-FORTH) ένα από τα μεγαλύτερα ερευνητικά κέντρα της χώρας, καθώς και το Ελληνικό Μεσογειακό Πανεπιστήμιο (ΕΛ.ΜΕ.ΠΑ.).Το ΕΛ.ΜΕ.ΠΑ. είναι ένα Δημόσιο Εκπαιδευτικό Ίδρυμα που αποτελείται από 400 εκπαιδευτικούς οι οποίοι έχουν υψηλή επίδοση και πάνω από 12000 ενεργούς φοιτητές. Συνολικά, υπάρχουν 8 σχολές του Πανεπιστημίου Κρήτης και 11 σχολές του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου.[50] Από το 1908 λειτουργεί στο Ηράκλειο η Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη Ηρακλείου, η οποία δημιουργήθηκε από τη δωρεά της βιβλιοθήκης του Δημητρίου Βικέλα και στη συνέχεια εμπλουτίστηκε με άλλες συλλογές όπως η βιβλιοθήκη του Γιώργου Σεφέρη κ.α..Στην πόλη του Ηρακλείου λειτουργούν περίπου 90 νηπιαγωγεία,57 Δημοτικά Σχολεία,20 Γυμνάσια (ανάμεσα στα οποία ένα Ευρωπαϊκό, ένα Πειραματικό, ένα Εσπερινό, ένα Καλλιτεχνικό και ένα Μουσικό), 15 Γενικά Λύκεια (ανάμεσα στα οποία και ένα Πειραματικό), 7 Επαγγελματικά Λύκεια καθώς και διάφορα ιδιωτικά εκπαιδευτήρια.
